Sierra Mágina está coronada por la cima más alta de la provincia de Jaén, el pico Mágina, con 2.167 m., otros dos picos son el Cárceles (2.059m.) y el Almadén (2.032m). En conjunto, la orografía de la comarca y, principalmente, de la zona declarada espacio protegido, está marcada por un relieve muy abrupto de pendientes fuertes, que se convierten en muchas ocasiones en paredones verticales, ofreciendo un paisaje muy atractivo y lugar ideal para la práctica de deportes como alpinismo, senderismo, bicicleta de montaña, etc.

Las rocas dominantes, caliza y dolomía, presentan en muchas zonas una carstificación acentuada, favoreciendo la existencia de abundantes cuevas subterráneas en las que es frecuente la práctica de la espeleología.

El clima dominante es de tipo mediterráneo, con veranos secos y cálidos, e inviernos suaves, aunque en las partes altas suelen permanecer las nieves varios meses. Las lluvias, abundantes en otoño y primavera, suministran un rico caudal de agua a una multitud de fuentes y manantiales.

En esta Sierra tienen su origen numerosos ríos y arroyos: Bédmar, Cambil, Prados, Perú, Gargantón, etc., la mayoría vierten las aguas a los ríos Guadalbullón o el Jandulilla.

Las variaciones climáticas, junto con las condiciones orográficas, favorecen que la vegetación en este Espacio Natural sea muy diversa, de la que sobresale el olivo y el almendro. La encina, el quejigo, y los pinos laricio y carrasco, forman importantes masas boscosas, que en ciertos lugares se abren formando dehesas bajo las que crecen excelentes pastos. El sotobosque es tambiénabundante: la cornicabra, el lentisco, el majuelo, el espino, las sabinas, los enebros, la madreselva, jaras, romeros, tomillos, y muchas otras especies que dan colorido y olores sugerentes al pasear por estas sierras. En las zonas húmedas, podemos encontrar las especies típicas de ribera: chopos, sauces, fresnos, adelfas, zarzas, juncos, eneas, etc.

En cuanto a la fauna, la cabra montés es una de las especies más representativas de este espacio natural; otros mamíferos como el jabalí y depredadores como el gato montés, la gineta, el zorro y la garduña. Las rapaces son las más llamativas de las aves que podemos encontrar en Sierra Mágina: el águila real, el búho, el cernícalo, el halcón, son sólo algunos ejemplos. Reptiles y anfibios también tienen una importante representación: sapo partero, rana común, lagarto ocelado, lagartija de Valverde, víbora hocicuda, culebras, etc.